Podobně jako ve Francii compagnonages a v Británii masonství, tedy organizace, jež pokládáme za předchůdce zednářství v našem slova smyslu, vyskytly se podobné společnosti i u nás. Vzrušení mezi badateli minulého století vzbudil nález listiny z doby Václava IV., hovořící o „Bratrstvu obruče“, což byla společnost šlechticů a měšťanů, stavitelů a udržovatelů chrámů na Starém i Novém Městě pražském. Byla vyslovena domněnka, že jejím členem byl i král Václav IV. Symbol obruče je velmi výmluvný, hovoří o zásadě rovnosti a poutu společné víry, více však o této společnosti nemůžeme říci a její stopy mizí v převratné době husitských válek. K ideovým předchůdcům zednářství třeba počítat též Jednotu bratrskou, jejíž konstituce jsou v základních zásadách velmi příbuzné s daleko pozdějšími Starými povinnostmi anglickými, díky myšlenkovému odkazu Jana Amose Komenského. Komenský je pokládán za jednoho z tvůrců myšlenkového základu zednářství, jenž se stal obecně známým v nekatolické Evropě druhé poloviny 17. a začátku 18. století. Jeho idea Pansofie, pojem Velkého Stavitele Všehomíra a další jsou součástí zednářského myšlení. V řadě evropských států jsou lóže nesoucí jméno Komenského.

Počátky zednářství v pravém slova smyslu jsou spojeny s osobností hraběte Františka Antonína Šporka, který dle historika a spisovatele Josefa Svátka údajně 24.6.1726 založil první zednářskou lóži v Praze „U tří hvězd“ v domě, kde je dnes hlavní pošta v Jindřišské ulici. Za předmnichovské republiky byla na tomto domě pamětní deska, připomínající tuto událost. Tento námět by zasloužil vlastní úvahu, neboť Špork byl bezpochyby osobností, která stojí v řadě nositelů duchovní osvěty v našem národě a to v dobách obzvláště neradostných. Prokázat ale jednoznačně, že Špork zednářem byl, se stěží kdy podaří. Nelze nic takového očekávat již s ohledem na pronásledování ze strany jezuitského řádu, proti němuž se Špork musel chránit utajováním a zvýšenou opatrností. Je nepopiratelné, že Špork byl ve styku s protikatolickou společností holandskou „Amici crucis“ a že jeho osobní tajemník se v Amsterodamu deklaroval při vydání Šporkova životopisu pod pseudonymem „Ferdinandus van der Roxas“ jako člen této společnosti. Špork vydával ilegálně literaturu jansenistickou a již tím se choval jako zednář, třeba „zednář bez zástěry“, neboť otevřel průchod světlu oponou jezuitské cenzury. Podle knih vydaných v jeho tiskárně byl ctitelem mystiků, např. svaté Terezie, Taulera a Tomáše Kempenského a dle životopisu Roxasova věnoval se denně duchovním cvičením, ač jinak žil zcela světsky. Hovoříme zde o Šporkovi, aby se alespoň částečně splatil morální dluh, jež vůči němu má historiografie našeho zednářství.

Za prokázané se pokládá založení lóže „U tří korun“ hrabětem Paradisem roku 1735 v Praze, přejmenované v roce 1741 na „U tří korunovaných hvězd“. V téže době pracovala v Čechách vojenská lóže založená Francouzi v bavorském vojsku „Poctivost“ (Sincérité), nejprve v Litoměřicích, později v Plzni a v Klatovech. Kapitula vyšších stupňů „U tří evangelistů“ působila v Litoměřicích, Chomutově, Hradci Králové, Lokti a postupně na dalších místech ve Slezsku a Polsku. Za vlády Marie Terezie bylo zednářství na popud císařovny v letech 1766 – 1768 zakázáno a lóže rozpuštěny. Lóže Sincérité byla po čtyřech letech obnovena a v roce 1786 na základě nařízení císaře Josefa II. z roku 1785 sloučena s dalšími lóžemi založenými obdobným způsobem v jednu lóži „U tří korunovaných hvězd a Poctivosti“. Lóže domácího původu byly obdobným způsobem sloučeny v lóži „Pravda a Jednota u tří korunovaných sloupů“. Tím zanikla významná lóže založená Ignácem Bornem roku 1770 pod jménem „U tří korunovaných sloupů“. Tyto zásahy Josefa II. znamenaly narušení svobodného života lóží a byly motivovány snahou úřadů vykonávat dozor nad zednářstvím. Tím skončilo údobí rozkvětu zednářství v našich zemích. Podobně postiženy moravské lóže založené v roce 1785 se sídlem v Brně, lóže „Zu Wahren Vereinigten Freunden“ a lóže „Zur Aufgehenden Sonne im Orient“, ze kterých v duchu zednářského patentu Josefa II. vznikla v roce 1787 lóže „Freimaurer Gesellschaft“. V Opavě krátce působila lóže Pythagoras. Za předchůdce moravského zednářství musíme ovšem považovat olomouckou Societas incognitorum, která vznikla z podnětu svobodného pána Petrasche (Joseph von Petrasch) již v roce 1746.

Nástup Františka I. na habsburský či tehdy ještě císařský trůn Svaté říše římské národa německého přinesl potlačování všech svobod na duchovním poli a tím i zednářství, které bylo r. 1794 ve všech zemích pozdějšího Předlitavska až do r. 1918 zakázáno. Císař František Josef I. tento zákaz obnovil krátce po bouřlivých událostech roku 1848. Přesto zednáři, kteří byli příslušníky lóží zrušených za Františka I., svoje humanitární, vědecké a kulturní snažení přenesli na půdu nově vzniklých zemských muzeí, dnešního Národního muzea v Praze a Moravského zemského muzea v Brně a položili tím základy vědeckého života v zemi. Uherská část říše byla zákazu zednářství od rakousko-uherského vyrovnání a vytvoření dvoustátí r. 1867 ušetřena, jistě i díky maďarskému ministerskému předsedovi hraběti Andrássymu, který sám byl zednářem. Čeští zednáři potom pracovali v lóžích poblíž hranic, ovšem pouze v omezeném rozsahu.

Po rakousko-uherském vyrovnání polevil tlak ze strany úřadů i v Předlitavsku a zednáři v Čechách, na Moravě a ve Slezsku začali pracovat v kroužcích, nerituálně, a zabývali se, alespoň oficiálně, pouze dobročinností. Tento stav trval až do konce 1. světové války.

Nejvýznamnější z kroužků byly pražská „Harmonie“, založená roku 1870, a „Amicitia“, založená roku 1872. V Karlových Varech působila od r. 1874 „Munificentia“ a řada dalších zakládaných ve městech s německou většinou. Za parazednářskou organizaci lze označit sdružení „Stálci“, založené r. 1838 K. S. Amerlingem, který se pokoušel v duchu tehdejšího slovanského nadšení vytvořit bratrstvo, pracující podle idejí Komenského a usilující o slovanskou vzájemnost. Bylo úředně zakázáno již r. 1840, tajně pracovalo až do povstání v Praze v sedmdesátých letech iniciativou Vojty Náprstka, který za svého působení v USA zažil r. 1873 v Chicagu též první českou lóži v zahraničí „Palacký“. V pražské „Harmonii“ působil od r. 1894 prof. Dr. J. Haněl, který ji vedl až do r. 1909. Byl prvním významným českým činovníkem v zednářství a jeho iniciativou došlo ke spojení pražských kroužků ve spolek „Charitas“ r. 1909. Rituální práce českých kroužků byla regularizována Velkou lóží uherskou.

Mezi nejvýznamnější české zednáře té doby patřili František Křižík, známý vynálezce, V. Pasovský, architekt, tvůrce pražské rozhledny, J. E. Purkyně, prof. fyziologie, Zdeněk Helfert, profesor, malíř Alfons Mucha, Jaroslav Kvapil, šéf činohry ND a další.

Zajímavou kapitolou v dějinách československého zednářství je zřízení Jednoty přátel filozofie v Praze r. 1905, pod níž se skrývala lóže „U tří korunovaných sloupů“ a kapitula skotského ritu 18. stupně, obojí náležející obedienci ritu Memphis-Misraim a jeho velkolóži v Lipsku. Kapitula pod názvem „Bohemia“ je uveden i v ročence Italské Nejvyšší Rady Skotského ritu 1918-1919 pod č. 44 s uvedením sídla Praga, Bohemia. Pražští martinisté Dražďák, Adamíra, Hauner a další byli iniciováni v Berlíně s tím, že založí lóži v Praze. Nediskrétností německého zednářského tisku se o tom dověděly rakouské úřady, došlo k vyšetřování, ale zásahem prof. Haněla k založení lóže i kapituly 18. stupně dne 7.9.1905 přece jen došlo. Jsou uvedeny v seznamu lóží řádu Memphis-Misraim jako zahraniční lóže pro Čechy a Moravu. Členové lóže Hauner, Dražďák a Adamíra byli svými publikacemi usilovnými propagátory těchto myšlenek. Adamíra vydával „Sborník pro filozofii, mystiku a okultismus“. Tím oponovali vlně protizednářské propagandy, vlny, která již od osmdesátých let postupně zaplavovala celou Evropu rozpoutána podvodnými spisy Taxilovými a jeho následovníků. Lóže „U tří korunovaných sloupů“ byla uspána v roce 1909 a některé její členové se účastnili založení české lóže „Bohemia“ v Praze. Po převratu se K. P. Dražďák a Em. Hauner stali členy nově vzniklé lóže „Jan Ámos Komenský“. Tato lóže byla první lóže vůbec vzniklá v ČSR a byla založena Velkým Orientem Francouzským. Později vstoupila do „Veliké Národní Lóže Československé“ po vzájemné dohodě obou obediencí. Obdobně jednala i druhá lóže tohoto typu, Dobrovský (lóže mužská, na rozdíl od stejnojmenné lóže smíšeného řádu založené roku 1922). Za 1. světové války vznikl v USA svaz slovanských svobodných zednářů „Jan Hus“, založený Čechoameričany s cílem osvobodit Čechy z habsburské nadvlády. Z tohoto kruhu vzešla iniciativa k pozdějšímu založení lóže „Jan Amos Komenský“.

V nové Československé republice se vyvíjelo zednářství české a německé po vlastních liniích. U Čechů převládala nedůvěra v loajálnost německého obyvatelstva k novému státu a ta se přenášela i do této oblasti. Převážná většina členů dosavadních kroužků byli Němci, a ti je krátce po převratu přeměnili na čtyři lóže v Čechách, a to „Harmonie“ a „Hiram“ v Praze, „Řetěz“ v Žatci a „Latomia“ v Liberci, na základě zakládajících listin ( chart ) velkolóže saské. V říjnu 1920 byla založena velkolóže pod názvem „Freimaurer-Grossloge Lessing zu drei Ringen in der Tschechoslowakische Republik“ ( Zednářská Velkolóže Lessing u tří prstenů v ČSR ). K ní se záhy připojily lóže ze Slovenska – „Mlčenlivosti a Bratrství“ z Bratislavy a „Resurrexit“ (Znovuzrození) z Košic.

Skotský ritus byl založen iniciativou Italské Nejvyšší Rady a Italské Velkolóže, zásluhou Františka Síse a italského žurnalisty Ugo Dadone, za účinné podpory italského Velmistra a Velkého komtura Raoula Palermi. Nejprve byla založena lóže „Národ“ z členů stejnojmenné odbojové skupiny, regularizovaná v Itálii a vedená v registru italské velkolóže roku 1918-1919 jako „Nazionale“ v orientu Praha pod č. 40, tedy jako italská lóže v cizině. Poté byli někteří členové zasvěceni, resp. povýšeni do vyšších stupňů skotského ritu. Z nově přijatých členů byly založeny nové lóže. Na ustavujícím shromáždění dne 29.12.1919 byla ustavena Velkolóže. Velmistrem byl zvolen básník S. Machar, zastupujícím velmistrem J. Scheiner, náčelník Sokola. Začátkem následujícího roku byla zvolena prozatímní Nejvyšší Rada Skotského Ritu, k jejímuž mezinárodnímu uznání došlo na 3. kongresu Nejvyšších Rad konaném r. 1922 v Lausanne. Lóže podléhající francouzskému Velkému Orientu, byly z tohoto svazku krátce předtím propuštěny a připojily se k velkolóži.

Záhy poté došlo k násilnému rozpuštění italského zednářství Mussoliniho režimem, a proto slavnostní „vnesení světla“ do Československa, do české části zednářství, bylo provedeno péčí velkolóže jugoslávské.

Spolupráce českých a německých zednářů až do nástupu nacismu v Německu probíhala uspokojivě. Teprve potom docházelo k porušení zednářského tajemství německým úřadům. Roku 1937 splynul německý Svaz svobodných zednářů „U vycházejícího slunce“ s „Národní Velikou Lóží Československou“. Nacistická okupace přerušila činnost velkolóže, která se po roce 1945 i přes tuhý odpor komunistických úřadů domohla povolení k obnovení činnosti, počínajíc rokem 1947. Po roce 1948 se vlastním rozhodnutím „uspala“ a krátce po „sametové revoluci“ obnovila svoji činnost, za podpory zahraničních obediencí.

Pro úplnost přehledu je třeba dodat, že se týkal zednářství „regulérního“, uznávaného Anglií. Zednářství smíšené bylo v Čechách založeno začátkem našeho století, a to smíšená lóže řádu Droit Humain v Praze. O jejím dalším osudu chybějí informace. Po převratu r. 1918 se utvořily, počínajíc rokem 1922, postupně dvě lóže pracující v jazyce českém, a to „Josef Dobrovský“ a „Poznání“ a lóže „Giordano Bruno“, pracující v jazyce německém. Pracovaly ve třech základních stupních i ve skotském ritu. Byly podporovány holandskou jurisdikcí řádu Droit Humain. Mezi zakladateli byly významné osobnosti hnutí „Volné myšlenky“, Alexander Sommer Batěk, Pavla Moudrá, manželé Zedníkovi a manželé Cimrovi. Usilovali též o vytvoření vlastní obedience, k čemuž však nedošlo. Rok 1939 je postihl stejně jako zednáře regulérní. Obnovení činnosti po roce 1945 se nepodařilo dosáhnout, lóže pracovaly bez úředního povolení a po listopadu 1989 svoji činnost obnovily a v roce 1993 založily Velkolóži liberálního svobodného zednářství HUMANITAS BOHEMIA v České republice, sdružující smíšenou mateřskou lóži „Dobrovský“ a její dceřinné lóže.

Kromě těchto uvedených útvarů vznikly po demokratickém převratu i lóže obediencí předtím zde neexistujících, mezi jinými Velký Orient Československý (Český), založený Velkým Orientem Francouzským.